O Programa de Estudos em Filosofia Antiga teve sua origem no Centro de Estudos em Filosofia Antiga, fundado em 1985, quando da criação de Centros de Pesquisa no Departamento de Filosofia, por proposição de seu chefe, o Professor Olinto Pegoraro, sendo composto pelos professores Carmen Lúcia Magalhães Paes, Elena Moraes Garcia, José Américo Motta Pessanha, Maria da Graça Franco Ferreira Schalcher, Maria das Graças de Moraes Augusto, Marly Bulcão Lassance de Brito e Paulo Alcoforado, além de pós-graduandos e graduandos em Filosofia na UFRJ.

A partir de 1989, o Centro de Estudos em Filosofia Antiga passou a denominar-se Programa de Estudos em Filosofia Antiga, sendo aprovado, nesse mesmo ano, pela Congregação do IFCS, fazendo, atualmente, parte do Diretório de Grupos de Pesquisa do CNPq, dentre os grupos consolidados.

Ao longo dos anos 90, o grupo consolidou seu trabalho com a publicação de artigos em revistas nacionais e estrangeiras, com a participação em diferentes eventos científicos e com um número expressivo de orientações na área de filosofia antiga, de monografias de bacharelado, dissertações de mestrado e teses de doutorado, além de responsabilizar-se pela publicação da revista Kléos, periódico voltado para as pesquisas em filosofia antiga, pela realização dos Simpósios Nacionais de Filosofia Antiga, e, em 1998, integrou-se ao GIPSA – Grupo Interdisciplinar de Pesquisa sobre as Sociedades Antigas, em coordenação conjunta com os professores Jacyntho Lins Brandão, da UFMG e Haiganuch Sarian, da USP, tendo sido responsável pela organização do III Colóquio do GIPSA: Artesão e Artesanato no Mundo Antigo.

A partir de 2004 teve início os Colóquios Platônicos, voltados para a discussão de pesquisas acerca dos diálogos de Platão, sendo a República o diálogo escolhido para ter cada um de seus livros discutidos em um Colóquio.

Sob a coordenação de professores vinculados ao grupo de pesquisa são mantidos três seminários de pesquisa: o Seminário de Estudos Platônicos - que foi o ponto de partida para a criação do grupo de pesquisa, quando, em 1983, alguns professores e alunos passaram a reunir-se quinzenalmente para leitura da República de Platão -, o Seminário de Estudos Aristotélicos e os Seminários de Estudos Clássicos visando uma discussão das pesquisas específicas desenvolvidas junto ao Pragma e as outras áreas dos Estudos Clássicos.